1949年3月，成立天津码头检查组，负责对外轮及旅客的边防检查工作。4月，又相继成立了塘沽码头检查组和卡口检查组。码头检查组负责5百吨以上的船舶进出口的检查工作，并兼顾 海上巡逻及配合航政局(港务局的前身)随客货班轮进行海河航道的检查工作；卡口检查组负责渔船进出港检查及管理工作。

1950年8月，成立海港公安处，受天津市公安局和港务局双重领导。海港公安处统管天津塘沽边防检查工作。

1951年4月，海港公安处改称海防保卫处，由天津市公安局领导。原3个检查组改为中华人民共和国天津港口检查站、塘沽港口检查站及卡口检查分站。

1952年8月，撤销海防保卫处，将天津、塘沽港口检查站合并成立为中华人民共和国天津边防检查站，建制归属河北省公安总队，业务受天津市公安局领导。边防检查站下设检查、侦查、秘书3个科室。

1953年10月，天津边防检查站又划归天津公安总队建制。

1958年10月，公安部队改编为人民武装警察部队。天津边防检查站划归天津市公安局航保处建制，边防检查站下设天津科、塘沽科、新港科。

1959年11月，边防检查站归属天津市公安局人民武装警察总队领导。

1963年2月，天津边防检查站实行人民公安部队体制，隶属河北省公安总队领导。原来的塘沽、新港科及监护连分别改为检查科、监护科。

1966年6月，河北省公安总队改编为河北省军区独立第二师，天津边防检查站隶属独立二师。

1969年1月，河北省军区独立第二师调防，将天津边防检查站移交给天津警备区建制。这时，检查站下设办公室、政治处、后勤管理科、检查科、监护科和一个监护中队。6月，天津警备区决定撤销北塘、大神堂、蔡家堡边防哨所移交地方管理，哨所人员全部调边检站工作。

1973年9月，天津边防检查站划归天津市公安局领导，改建成为边防检查处，序列为天津市公安局第九处，对外称“中华人民共和国天津边防检查站”。下设证件检查科、调查研究科、行政管理科。1975年，组建了监护二中队、监护三中队。

1980年10月，经中共天津市委和公安部批准，将天津边防检查站改为天津市公安局边防保卫局，实行局、站合一体制。对外称"中华人民共和国天津边防检查站"。

1980年10月，天津边防保卫局组建张贵庄机场分站，对外称“中华人民共和国张贵庄机场边防检查站”。12月，东沽、北塘、高沙岭、蔡家堡、大神堂5个边防派出所移交给地方公安部门管理。

1982年2月，经公安部批准，改变天津边防局、站合一的体制，撤销天津市公安局边防保卫局，保留天津边防检查站。1983年6月，成立张贵庄机场安全检查站。

1983年10月，天津边防检查站划归天津武警总队建制，边检业务仍归市公安局领导。对内称“武警部队天津总队边防检查站"，对外仍称"中华人民共和国天津边防检查站。

1985年10月，根据公安部边防体制改革的要求，天津市公安局恢复边防保卫局。边防保卫局下设办公室、政治处、后勤处。

1988年3月，成立边防局教导队。8月，边防局教导队和武警天津指挥学校边防学员队合并，成立天津武警指挥学校边防分校。是年，恢复“中国人民武装警察天津边防总队”的名称，与边防局一个机构两个名称。

1989年1月，边防保卫局办公室、政治处、后勤处分别使用武警天津市边防总队司令部、政治部、后勤部名称。是年，边防局成立技术通讯处。

1998年7月，国务院颁 布《国务院关于北京等九城市边防检查职业化改革试点方案的批复》（国函[1997]76号）等文件，核定天津出入境边防检查总站（副厅级）为公安行政编制，隶属公安部出入境管理局。其后，总站进行了职业化改革，正式列入公安行政编制。

2011年，根据中央编办《关于调整北京等七个职业制边防检查总站机构规定的批复》（中央编办复字[2011]54号），总站升格为正厅级。

2018年4月，国家移民管理局成立后，天津边检总站隶属国家移民管理局垂直领导。